สำหรับนินจา นักฆ่าซัดอาวุธดาวกระจายที่โด่งดังในภาพยนตร์ญี่ปุ่นนั้น เดิมทีไม่ใช่มีภาพเช่นนั้น เชื่อกันว่า นินจาเป็นศิลปะการต่อสู้ที่ฝึกฝนในกลุ่มนักบวช ที่เผยแพร่จากจีนมาญี่ปุ่นในช่วงเผยแผ่ศาสนาราวปีค.ศ.522 กลุ่มนักบวชเหล่านี้ไม่ใช้วิชาการต่อสู้เพื่อความรุนแรง จนกระทั่งปีค.ศ. 645 ที่ฝ่ายสงฆ์เริ่มนำวิชาการต่อสู้นี้มาใช้ หลังจากถูกกดขี่บีบคั้นจากรัฐบาลกลางให้ปกป้องตนเอง



ในสมัยเฮอันที่เกิดการต่อสู้ชิงอำนาจกันระหว่างตระกูลเพื่อโค่นล้มราชสำนัก ตระกุลใหญ่ๆ เหล่านี้ต้องการนักฆ่ามืออาชีพที่ทำงานหาข่าวและลอบสังหารฝ่ายตรงข้าม ทำให้คนที่ฝึกวิชาการต่อสู้เป็นที่ต้องการสูงมาก และกลุ่มนินจาก็เริ่มต้นตั้งแต่บัดนั้น



คำว่านินจามาจากคำว่า ชิโนบิโนโมโน่ เมื่อเขียนด้วยตัวอักษรคันยิ อ่านว่า \"นินชา\" หากอ่านเป็นภาษาจีนจึงเป็น \"นินจา\" นินหมายถึงการหลบซ่อน จาหมายถึงบุคคล นินจาจึงหมายถึงบุคคลที่ซ่อนตัว ชนิดแวบไปแวบมานั่นเอง